Parece ser que IE, como siempre, hace un poco lo que quiere con el HTML o las CSS. En esta ocasión, hay un problema si tienes un elemento anterior con un z-index superior y el elemento posterior está con position: relative. IE pasará de tu z-index.

IE establece contextos z-index diferentes para cada elemento, y por tanto el elemento posterior prevalece sobre los anteriores aunque tengan z-index superiores.